最高院从补充协议约定的内容进行分析和评判，认为补充协议实质上是结算协议，结算协议在法律效力上具有独立性和约束力，故而认定该补充协议合法有效。在具体个案中，建设工程结算协议的效力应根据主合同的效力情况及结算协议本身内容的真实情况进行综合评判，这样利于正确适用法律和司法解释。

　　一、典型判例：参照主合同签订的补充协议实质为结算协议

　　安阳广佳欣置业有限公司(以下简称广佳欣公司)与博坤建设集团有限公司(以下简称博坤公司)签订《建设工程施工合同》及《补充协议一》，约定由博坤公司对广佳欣公司开发的案涉项目施工进行总承包，暂定合同价为3.2亿元。其中，第一部分“协议书”第五条(合同价款)载明：最终结算以经广佳欣公司或广佳欣公司委托的审价公司审核且经双方同意的竣工实际结算价为准。第三部分“专用条款”六(合同价款与支付)第23.2条载明：“本合同价款采用(2)可调价格合同方式确定”。

　　后，博坤公司就案涉部分工程申请付款，预算金额为8375万元，当期申请金额6281万元;沪港公司经核算，预算金额应为8004万元，本期应付金额为6003万元;广佳欣公司确认形象进度属实，并认可已完工程量及造价由上海沪港公司审核;施工监理、投资监理、项目管理单位及项目开发单位先后加盖公章并签字确认;广佳欣公司与博坤公司据此签订了《补充协议二》，确认博坤公司已经完成的工程量为8375万元。本案中，博坤公司即依据《补充协议二》要求广佳欣公司支付工程欠款、补偿款及违约金等。

　　二、最高院裁判：结算协议在法律效力上具有独立性和约束力

　　博坤公司诉广佳欣公司、管广生建设工程施工合同纠纷一案，广佳欣公司、管广生不服(2013)豫法民一初字第7号民事判决，向最高院提起上诉，最高院在(2014)民一终字第61号判决中认为：

　　(一)《建设工程施工合同》及《补充协议一》无效

　　《招标投标法》第三条第一款、《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第七条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条的规定，案涉工程项目属于必须进行招标的项目，但双方当事人却未履行法律规定的招标投标程序，违反了法律的强制性规定，故案涉《建设工程施工合同》应为无效。《补充协议一》主要涉及案涉工程施工进度等事项，因《建设工程施工合同》无效，故《补充协议一》亦应认定无效。

　　(二)作为结算协议的《补充协议二》具有独立性，应为有效

　　《补充协议二》在形式上为《建设工程施工合同》之补充协议，但该协议具有独立性。首先，从该协议的订立背景看，是截至2013年4月30日，广佳欣公司未按双方约定支付工程进度款、退还履约保证金和支付利息。其次，从该协议的订立目的和内容上看，是确认博坤公司已完工程范围及价值、明确欠款数额及广佳欣公司所应承担的逾期付款补偿责任、广佳欣公司所应承担的逾期付款违约金责任。

　　最高院认为，《补充协议二》在性质上属于广佳欣公司和博坤公司对双方之间既存债权债务关系的结算和清理，确认《补充协议二》在法律效力上的独立性和约束力，不违反法律、行政法规的效力性强制性规定。据此，最高院认定《补充协议二》合法有效。

　　三、律师评析：结算协议的效力应具体问题具体分析

　　本案中，最高院从补充协议约定的内容进行分析和评判，将补充协议效力与主合同(如无特别说明，以下“主合同”、“合同”均指发承包双方签订的建设工程施工合同)剥离开来，认为补充协议实质上是结算协议，结算协议在法律效力上具有独立性和约束力，故而认定该补充协议合法有效。

　　但是，意思表示真实是判断协议效力的第一原则，完全背离合同约定及工程实际情况的结算协议应为无效，只有根据发承包双方当事人真实意思，反映合格实物工程量的结算协议才具有法律效力。

　　综上所述，关于含有结算内容的补充协议的效力，应具体分析和评判补充协议的内容，认定其是否具有结算协议的实质，并根据主合同效力、合同是否备案、是否存在阴阳合同、当事人真实意思以及结算协议内容真实性等方面对结算协议的效力进行综合考量和认定。