企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护。第一，向仲裁机构申请仲裁解决。

企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。第二，向工商行政管理部门投诉。侵犯商业秘密往往同时构成不正当竞争行为，因此可以要求工商管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。第三，向人民法院起诉。企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。第四，协商解决。商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿，以维护自身的正当权益。

法律依据：

《刑法》第二百一十九条 

有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金： (一)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的; (二)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的; (三)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。 明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密论。 本条所称商业秘密，是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。 本条所称权利人，是指商业秘密的所有人和经商业秘密所有人许可的商业秘密使用人。