专项附加扣除办理申报可以由单位办理申报或者个人自行申报。

具体来讲：

（1） 由单位按月发工资预扣税款时办理。 除大病医疗以外， 对其他五项扣除， 您可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。 

首次享受时， 需要填写《个人所得税专项附加扣除信息表》 并报送给任职受雇单位， 单位在每个月发放工资时， 像“三险一金” 一样， 为您办理专项附加扣除。

（2） 自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。 一般来讲， 有以下情形之一的， 您可以选择在次年 3 月 1 日至 6月 30 日内， 自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除；

 税款多退少补； 个人所得税专项附加扣除信息随纳税申报表一并报送：

①不愿意通过单位办理扣除， 未将相关专项附加扣除信息报送给任职受雇单位的；

②没有工资、 薪金所得， 但有劳务报酬所得、 稿酬所得、特许权使用费所得的；

③有大病医疗支出项目的；

④纳税年度内未享受或未足额享受专项附加扣除等情形。

如果同时有两个以上发工资的单位， 那么对同一个专项附加扣除项目， 在一个纳税年度内， 您只能选择从其中的一个单位办理扣除。

法律依据：《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》第二十五条：纳税人首次享受专项附加扣除，应当将专项附加扣除相关信息提交扣缴义务人或者税务机关；

扣缴义务人应当及时将相关信息报送税务机关，纳税人对所提交信息的真实性、准确性、完整性负责。专项附加扣除信息发生变化的，纳税人应当及时向扣缴义务人或者税务机关提供相关信息。  

前款所称专项附加扣除相关信息，包括纳税人本人、配偶、子女、被赡养人等个人身份信息，以及国务院税务主管部门规定的其他与专项附加扣除相关的信息。  

本办法规定纳税人需要留存备查的相关资料应当留存五年。