公司设立分支机构流程如下：

1、首先，持“企业名称预先核准申请书”“授权书”及商标注册证复印件到工商局办理核名。

2、核名后，持工商局发给的核名通知书到相关部门办理前置审批手续。

3、填写《分公司设立登记申请书》，由总公司盖公章并由法定代表人签字。

4、填写《指定代表或者共同委托代理人的证明》，由总公司盖公章并将指定代表人或共同委托代理人的身份证复印件贴上。

5、准备分公司营业场所使用证明;自有房产提交产权证复印件;租赁房屋提交租赁协议复印件以及出租方的房产证复印件。

6、由总公司出具的股东会决议，决议内容须有分公司负责人的任职决定，同时提供负责人的身份证复印件。

7、持验资报告、房产证、授权书、股东会决议、公司章程、分公司设立登记申请书、指定代表或者共同委托代理人的证明、企业名称核准通知书、相关前置审批手续等到工商局办理营业执照(以上相关证件须加盖总公司公章)。

8、持营业执照及公司设立通知书到公安局办理刻章业务。

9、持营业执照、公司设立通知书到质量技术监督管理局办理企业组织机构代码证。

10、持营业执照、代码证、公司设立通知书到开户行办理基本帐户，先填写基本帐户申请书。

11、持营业执照、代码证、公司设立登记通知书、公章、财务章、法人章、银行开户申请书、房产证等资料到国税局、地税局办理税务登记证。

12、持国税、地税登记证、营业执照等资料到开户行办理正式开户。

13、需要办理一般纳税人时，持办理完的相关证件及税务机关要求报送的其他资料到主管国税机关进行办理。