专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。具体来讲（1） 由单位按月发工资预扣税款时办理。 除大病医疗以外， 对其他五项扣除， 您可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。 首次享受时， 需要填写《个人所得税专项附加扣除信息表》 并报送给任职受雇单位， 单位在每个月发放工资时， 像“三险一金” 一样， 为您办理专项附加扣除。

（2） 自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。 一般来讲， 有以下情形之一的， 您可以选择在次年 3 月 1 日至 6月 30 日内， 自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除， 税款多退少补； 个人所得税专项附加扣除信息随纳税申报表一并报送：①不愿意通过单位办理扣除， 未将相关专项附加扣除信息报送给任职受雇单位的；②没有工资、 薪金所得， 但有劳务报酬所得、 稿酬所得、特许权使用费所得的；③有大病医疗支出项目的；④纳税年度内未享受或未足额享受专项附加扣除等情形。

如果同时有两个以上发工资的单位， 那么对同一个专项附加扣除项目， 在一个纳税年度内， 您只能选择从其中的一个单位办理扣除。

法律依据：《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第二条：本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。