设施农用地备案的办理方式是：首先，经营者申请、镇申报；其次，县级审核；设施农用地审核同意后，镇政府具体监督设施建设和用地协议的实施，县级国土资源部门做好土地变更调查，登记和台账管理等相关工作，县级农业部门做好土地承包合同变更和流转合同备案、登记工作。

所需材料有：设施农用地申请审核表；农业设施项目建设方案；设施农用地用地协议书；设施农用地土地承包经营权流转合同；设施农用地复耕保证书；设施农用地附属设施委托补充耕地协议书；设施农用地选址位置图和平面规划图；经营者属企业的提供营业执照复印件，属个人的申请人提供身份证复印件。

法律依据：

根据《国土资源部、农业部关于进一步支持设施农业健康发展的通知》(国土资发〔2014〕127号)规定，设施农用地的性质属于农用地，按农用地管理，直接用于或者服务于农业生产，不需办理农用地转用审批手续;如果非农建设占用设施农用地的，应依法办理农用地转用审批手续。

从事设施农业建设的，经营者要和土地所有权人和使用权人签订用地协议;协议签订后，乡镇政府应按要求及时将用地协议与设施建设方案报县级国土资源部门和农业部门备案;县级国土资源部门和农业部门应依据职能及时核实备案信息;如果不符合设施农用地有关规定，分别由国土资源部门和农业部门在15个工作日内，告知乡镇政府、农村集体经济组织及经营者，由乡镇政府督促纠正。