公司设立协议与公司章程的区别有：

1、设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议是调整公司设立过程中的法律关系和法律行为，设立协议产生在公司成立前，公司的设立阶段，经发起人达成一致签字盖章即具有法律效力。公司章程是以公司成立为前提的，在公司成立后才能生效，对股东具有约束力。

2、设立协议不是公司设立的必要法律文件。而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都必须提交公司章程。

3、设立协议是不要式法律文件，根据当事人之间的意思表示形成，其内容更多的体现了当事人的意志和要求，属于契约，需要遵守合同法的一般规则;公司章程是要式法律文件，公司章程必须依据公司法制定，不能违反法律、和行政法规为前提。

4、设立协议和公司章程约束的对象不同，设立协议是全体发起人订立的，调整的是发起人之间的关系，在发起人之间具有法律约束力。而公司章程调整的是股东之间、公司与股东之间公司与公司的治理机构之间的法律关系，即包括对原始发起人股东有约束力，也对按照公司章程和公司法规定后加入公司的股东具有约束力。

【法律依据】

根据《公司法》第十一条，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。