(1)亲告罪在认定上的主观性和模糊性。亲告罪在法院作出肯定性结论之前，相关行为究竟属于一般民事侵权还是犯罪行为，其认定较之于其他犯罪来说有很大的主观性和模糊性。以侮辱罪为例，其侵犯的客体是公民的名誉权，造成的具体危害是使被害人的社会评价降低。社会评价因诽谤行为而降低程度的认定，主要根据社会观念、人之感受等一系列主观性因素。我国《刑法》第246条规定为侮辱罪诽谤罪的构成要件之一的“情节严重”也往往离不开被害人自身的感受(司法实践中常以被害人不堪受辱而自杀或者精神失常的事实认定为情节严重)。它不是像故意杀人、强奸等犯罪，只要通过纯粹的客观外在事实的考察就可以基本断定相关行为的社会危害性之严重程度以及犯罪是否业已存在。而是“要看被害人对于这种违法行为的看法如何才能决定”。

(2)亲告罪既有纯正的亲告罪，又有不纯正的亲告罪。所谓纯正的亲告罪，是指只能由被害人等告诉权主体告诉才能发生刑罚权的犯罪。如告诉权主体不进行告诉，那么即使社会危害性再严重，也不能进行追诉。如我国《刑法》第270条规定的侵占罪。所谓不纯正的亲告罪，是指既可以由被害人等告诉权主体进行告诉，也可以由公诉机关依照法定职责进行控诉，而发动刑罚权的犯罪。我国除了侵占罪以外，其他的亲告罪均属于不纯正的亲告罪。如虐待罪一般情况下，由被害人告诉才处理的，但是如致使被害人重伤、死亡的，公诉机关可以进行控诉而追诉行为人。

(3)亲告罪案件不同于自诉案件。自诉是指被害人或者他的法定代理人直接向法院提起诉讼的控诉形式，它是私诉的主要种类。自诉同公诉相对应，是依据刑事程序确立的追诉形式，在立法范围上亲告罪同自诉案件是一种交叉关系。亲告罪同自诉案件虽然没有必然的联系，但二者却具有某种自然的亲和性;由于亲告罪所侵犯的私法益，而这些权利具有可处分性，自诉的追诉方式恰能为告诉权人处分权提供便利条件。